Пример для root директории

<Directory />
   Options -Indexes -FollowSymLinks
   AllowOverride None
   Order allow,deny
   allow from all
</Directory>

Options

• Indexes : Если эта опция включена, то при указании URL'а, ссылающегося на каталог без индексного файла (описанного директивой DirectoryIndex, index.html,index.php3,index.cgi и т.д.), возвращает клиенту содержимое каталога
• FollowSymLinks : Позволяет использовать символические ссылки на файлы или каталоги, не находящиеся в указанном каталоге
• Includes : Разрешает выполнение SSI директив в файлах, описанных директивой AddHandler server-parsed тип и находящихся в указанном каталоге

• AllowOverride : Определяет какие директивы могут быть использованы в файлах .htaccess. Она может принимать значения «All», «None», или любую комбинацию из : «Options», «FileInfo», «AuthConfig», и «Limit» …
  

AllowOverride None - запрещает изменять опции доступа посредством содержимого файла .htaccess